地殼中保存的屬于古地質(zhì)年代的動(dòng)物或植物的遺體、遺物或生物留下的痕跡叫化石。動(dòng)物化石包括“肉質(zhì)化石”和“骨質(zhì)化石”。

由于冰河運(yùn)動(dòng)、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過(guò)億萬(wàn)年的演變，生物硬體部才被保存下來(lái)。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內(nèi)臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮ⅲ谧匀画h(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實(shí)體肉化石，因存世量少收藏價(jià)值。學(xué)者黃錦祥發(fā)現(xiàn)的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實(shí)有“肉化石”存在，是人類自然科學(xué)史上的一次重大發(fā)現(xiàn)。 [1-2]

變化為石。 元 鄭元祐《次韻劉憲副春日湖上有感》詩(shī)：“鶴老離巢松化石，鸞孤照水竹穿沙?！?明 劉基《雙帶子》曲之四：“天上星辰能化石，黃河千歲也還清?！保坏涑觥冻鯇W(xué)記》卷五引 南朝 宋 劉義慶《幽明錄》：“ 武昌山 上有望夫石，狀若人立。古傳云：‘昔有貞婦，其夫從役，遠(yuǎn)赴國(guó)難，攜弱子餞送北山，立望夫而化為立石，因以為名焉?！?明 何景明《結(jié)腸賦》：“淚隕血而崩城兮，身立枯而化石?！?明 張煌言《得友人書道內(nèi)子艱難狀》詩(shī)：“漸來(lái)應(yīng)化石，遮莫但飛蓬?！?蘇曼殊《無(wú)題》詩(shī)之七：“分明化石心難定，多謝云娘十幅箋?！?br/>
在漫長(zhǎng)的地質(zhì)年代里，地球上曾經(jīng)生活過(guò)無(wú)數(shù)的生物，這些生物死亡后的遺體或是生活時(shí)遺留下來(lái)的痕跡，許多被當(dāng)時(shí)的泥沙掩埋起來(lái)。在隨后的歲月中，這些生物遺體中的有機(jī)物質(zhì)分解殆（dài）盡，堅(jiān)硬的部分如外殼、骨骼、枝葉等與包圍在周圍的沉積物一起經(jīng)過(guò)石化變成了石頭，但是它們?cè)瓉?lái)的形態(tài)、結(jié)構(gòu)（甚至一些細(xì)微的內(nèi)部構(gòu)造）依然保留著。同樣，那些生物生活時(shí)留下來(lái)的痕跡也可以這樣保留下來(lái)。我們把這些石化的生物遺體、遺跡就稱為化石，化石一般少都要經(jīng)過(guò)上億年才能形成。


煤系地層是生存于古生代時(shí)的植物的化石的主要來(lái)源。煤炭礦是采集化石好的場(chǎng)所，而且碳本身便是化石植物的殘留，雖然植物化石的結(jié)構(gòu)細(xì)節(jié)很少會(huì)留在碳中。在蘇格蘭格拉斯哥維多利亞公園中的化石森林里，有發(fā)現(xiàn)鱗木的樹(shù)干。


松柏和開(kāi)花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹(shù)和棕櫚樹(shù)等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區(qū)，且常在酸性及沙漠地區(qū)中所發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槟切┑胤胶苋菀滓蚯治g作用而暴露。石化木通常都被嚴(yán)重地硅化（有機(jī)質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會(huì)被保存在良好的狀態(tài)。此類的樣本有些會(huì)使用寶石雕琢的裝置來(lái)切割及磨光。石化木的石化林已在每個(gè)大陸中被發(fā)現(xiàn)。