由于冰河運動、地殼變遷等原因，地球生物被迅速埋藏于地下，經(jīng)過億萬年的演變，生物硬體部才被保存下來。但軀體肉質(zhì)軟組織（包括耳朵、內(nèi)臟器官）演變?yōu)榛目赡苄晕⒑跗湮ⅲ谧匀画h(huán)境下很容易被微生物腐蝕溶化，所以很難形成實體肉化石，因存世量少收藏價值。學者黃錦祥發(fā)現(xiàn)的“耳朵”化石，使我們清楚了解到地球上確實有“肉化石”存在，是人類自然科學史上的一次重大發(fā)現(xiàn)。 [1-2]

化石作為煉丹材料 煉丹。 唐 駱賓王《代女道士王靈妃贈道士李榮》詩：“漫道燒丹止七飛，空傳化石曾三轉(zhuǎn)。”

松柏和開花植物的根、莖及枝干的化石可以在湖泊及海岸的中生代和新生代地層中被找到。加州紅木、木蘭、櫟樹和棕櫚樹等化石常被找到。
石化木普遍存在于世界的部份地區(qū)，且常在酸性及沙漠地區(qū)中所發(fā)現(xiàn)，因為那些地方很容易因侵蝕作用而暴露。石化木通常都被嚴重地硅化（有機質(zhì)被二氧化硅取代），且生殖組織常會被保存在良好的狀態(tài)。此類的樣本有些會使用寶石雕琢的裝置來切割及磨光。石化木的石化林已在每個大陸中被發(fā)現(xiàn)。