有機廢棄物，包含人畜糞便、餐余垃圾、污水處理廠的副產品污泥、瓜果蔬菜市場廢棄的爛瓜果爛菜葉等等，其年產量是同期工業(yè)固體廢棄物產量的10倍，量大且集中，如不及時處理將帶來嚴重的環(huán)境污染。對有機廢棄物進行堆肥化處理(好氧發(fā)酵)可以實現廢物的資源化利用，因此獲得了廣泛的應用，人們嘗試著開發(fā)了眾多的好氧發(fā)酵反應器，試圖提高好氧發(fā)酵的效率，降低發(fā)酵設備的制造成本和運行成本。

目前，國內現有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術普遍存在著發(fā)酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產生嚴重影響。同時發(fā)酵生產受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導致設備無法處理糞便的現象。發(fā)酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數量多。

目前，化肥被大量施用以保持農林業(yè)高產。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機農業(yè)，大量應用有機肥，達到保持作物產量的同時，保護土地和環(huán)境。畜禽糞便是有機肥重要來源，2016年我國僅養(yǎng)殖肉牛產生的牛糞就達到15萬噸以上，為我國有機肥生產提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產生大量小麥秸稈，秸稈為養(yǎng)殖業(yè)提供飼料，也為有機肥生產提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產的基礎，重要的是對這些原料的加工利用。其中關鍵的是有機肥原料的發(fā)酵腐熟技術不斷發(fā)展與創(chuàng)新。

菌肥的使用方法：
1. 施用量：一般情況下，每畝土地使用菌肥的量為10-15公斤。
2. 施用時間：菌肥可與基肥一同施用，也可作為追肥使用。一般在種植前2-3周施用，或者在植物生長期間按需追肥。
3. 施用方式：菌肥可直接撒在土壤表面，然后輕輕耕入土中，也可與底肥或追肥混合使用。 需要注意的是，菌肥的保存要避免陽光直射和高溫環(huán)境，盡量保存在陰涼干燥處。
此外，在施用菌肥時，應避免與農藥等化學物質混用，以免發(fā)生不良反應。

生物菌肥是一種由生物菌種（如細菌、真菌等）經過發(fā)酵或培養(yǎng)后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，這些微生物能夠分解有機物質，提供植物所需的營養(yǎng)元素，并促進植物生長。 生物菌肥具有以下特點：
1. 提供多種養(yǎng)分：生物菌肥中含有豐富的有機質和微量元素，這些養(yǎng)分對植物生長發(fā)育至關重要。
2. 促進土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能夠分解有機物質，釋放出更多的養(yǎng)分，并促進土壤中其他微生物的繁殖和活動，改善土壤質地和結構。
3. 增強植物力：生物菌肥中的益生菌能夠與植物形成共生關系，提高植物的抗病能力，減少病蟲害的發(fā)生。
4. 環(huán)境友好：生物菌肥不含化學合成的肥料成分，對環(huán)境污染較小，使用后不會對土壤和水體造成負面影響。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態(tài)位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結合，形成土壤團粒結構，提高土壤蓄肥、保水能。