生物有機肥是指特定功用微生物與主要以動植物殘體(如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等)為來歷并經(jīng)無害化處理、腐熟的有機物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應(yīng)的肥料。和化肥比較，生物有機肥營養(yǎng)元素完全，具有改善土壤、進步產(chǎn)品品質(zhì)、改善作物根際微生物群、進步植物的抗病蟲才能、進步化肥使用率等特色，深受喜歡。

農(nóng)業(yè)有機廢棄物包括農(nóng)業(yè)生產(chǎn)產(chǎn)生的各類農(nóng)作物秸稈，以及畜禽養(yǎng)殖產(chǎn)生的畜禽糞便等，處理難度較大，是環(huán)境治理的難題。將農(nóng)業(yè)有機廢棄物畜禽糞便、秸桿等作為可利用的資源進行好氧發(fā)酵 ，不僅可以解決農(nóng)業(yè)生產(chǎn)廢物對環(huán)境的污染問題，同時生產(chǎn)出來的有機肥可以帶來收益，實現(xiàn)了廢棄物的無害化、減量化、資源化，符合我國對環(huán)境保護和資源可持續(xù)利用的政策方針。

目前，國內(nèi)現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著發(fā)酵，遠距離運輸，集中處理高成本的問題。同時因為發(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴重影響。同時發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導(dǎo)致設(shè)備無法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時間普遍長達1-2個月，耗費工作人員數(shù)量多。

生物菌肥是一種由生物菌種（如細菌、真菌等）經(jīng)過發(fā)酵或培養(yǎng)后制得的肥料。它通常包含大量的活性微生物，這些微生物能夠分解有機物質(zhì)，提供植物所需的營養(yǎng)元素，并促進植物生長。 生物菌肥具有以下特點：
1. 提供多種養(yǎng)分：生物菌肥中含有豐富的有機質(zhì)和微量元素，這些養(yǎng)分對植物生長發(fā)育至關(guān)重要。
2. 促進土壤生物活性：生物菌肥中的活性微生物能夠分解有機物質(zhì)，釋放出更多的養(yǎng)分，并促進土壤中其他微生物的繁殖和活動，改善土壤質(zhì)地和結(jié)構(gòu)。
3. 增強植物力：生物菌肥中的益生菌能夠與植物形成共生關(guān)系，提高植物的抗病能力，減少病蟲害的發(fā)生。
4. 環(huán)境友好：生物菌肥不含化學(xué)合成的肥料成分，對環(huán)境污染較小，使用后不會對土壤和水體造成負面影響。

微生物菌肥，富含多糖類、生物堿類、類、腐殖酸類、海藻素等高能量物質(zhì)以及鉀、鈣、鎂、磷、硫、鐵、鋅、硼、硒、硅、錳、鉬等礦物元素。通過提高作物葉片中葉綠素的含量達到營養(yǎng)復(fù)壯、提質(zhì)增產(chǎn)的效果，通過提高作物體內(nèi)的酶活性達到、抗逆性的作用；多種有益微生物可有效改良土壤，增加土壤的透氣性，提高土壤中有機質(zhì)的利用率，通過生物菌的固氮、固碳功能為作物補充營養(yǎng)。

微生物代謝物有直接殺菌的作用且進入土壤會在根際定殖，搶占生態(tài)位點讓線蟲及真無法侵染。有益微生物進入土壤會在根系周圍產(chǎn)生大量粘多糖與植物分泌的粘液及礦物膠體、有機交替相結(jié)合，形成土壤團粒結(jié)構(gòu)，提高土壤蓄肥、保水能。