農(nóng)家肥：
區(qū)別：
1）生物有機(jī)肥完全腐熟，蟲卵率達(dá)到95%以上；農(nóng)家肥堆放簡單，蟲卵率低。
2）生物有機(jī)肥無臭；農(nóng)家肥有惡臭。
3）生物有機(jī)肥施用方便，均勻；農(nóng)家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4 與生物菌肥：
區(qū)別：
1）生物有機(jī)肥價格便宜，每噸在千元左右；生物菌劑價格昂貴，每噸幾千元。
2）生物有機(jī)肥含有功能菌和有機(jī)質(zhì)，能改良土壤促進(jìn)被土壤固定養(yǎng)分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進(jìn)土壤固定肥料的利用。
3）生物有機(jī)肥的有機(jī)質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有的土壤環(huán)境。

目前，國內(nèi)現(xiàn)有的一些畜禽糞便發(fā)酵技術(shù)普遍存在著發(fā)酵，遠(yuǎn)距離運(yùn)輸，集中處理高成本的問題。同時因?yàn)榘l(fā)酵工藝落后，占地面積大，發(fā)酵過程中因發(fā)酵工藝落后造成地下水的污染和因發(fā)酵不全產(chǎn)生的氣味，使蚊蠅滋生對周圍環(huán)境產(chǎn)生嚴(yán)重影響。同時發(fā)酵生產(chǎn)受氣候影響嚴(yán)重，雨雪天無常工作，冬季因低溫導(dǎo)致設(shè)備無法處理糞便的現(xiàn)象。發(fā)酵時間普遍長達(dá)1-2個月，耗費(fèi)工作人員數(shù)量多。

目前，化肥被大量施用以保持農(nóng)林業(yè)高產(chǎn)。但是，隨著化肥用量不斷增加，土壤開始板結(jié)，化肥淋入地下水也將造成水污染。近年來，我國提倡有機(jī)農(nóng)業(yè)，大量應(yīng)用有機(jī)肥，達(dá)到保持作物產(chǎn)量的同時，保護(hù)土地和環(huán)境。畜禽糞便是有機(jī)肥重要來源，2016年我國僅養(yǎng)殖肉牛產(chǎn)生的牛糞就達(dá)到15萬噸以上，為我國有機(jī)肥生產(chǎn)提供了充足的原料。另外，我國小麥歷年種植面積為我耕種地總面積的22％～30％，產(chǎn)生大量小麥秸稈，秸稈為養(yǎng)殖業(yè)提供飼料，也為有機(jī)肥生產(chǎn)提供了豐富原料。但是，豐富的原料只是生產(chǎn)的基礎(chǔ)，重要的是對這些原料的加工利用。其中關(guān)鍵的是有機(jī)肥原料的發(fā)酵腐熟技術(shù)不斷發(fā)展與創(chuàng)新。