由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業(yè)在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發(fā))的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發(fā)展來達(dá)到要求。但是貨架越高，機(jī)械設(shè)備的采購成本和運(yùn)行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內(nèi)優(yōu)的物流路線是直線形的，但在倉庫設(shè)計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網(wǎng)狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運(yùn)作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數(shù)量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費(fèi)。自動化立體倉庫采用了大量的設(shè)備，因此對人員的素質(zhì)要求比較高，人員素質(zhì)跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業(yè)需要招聘的人才，并對其進(jìn)行的培訓(xùn)。

自動化立體倉庫的上游、下游及其內(nèi)部各子系統(tǒng)的協(xié)調(diào)，有一個木桶效應(yīng)的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產(chǎn)品，各種設(shè)施設(shè)備也非常，但是由于各子系統(tǒng)間協(xié)調(diào)性、兼容性不好，造成整體運(yùn)作能力比預(yù)期差很多。

提高空間利用率
早期立體倉庫的構(gòu)想，其基本出發(fā)點就是提高空間利用率，充分節(jié)約有限且寶貴的土地。在西方有些發(fā)達(dá)國家，提高空間利用率的觀點已有更廣泛深刻的含義，節(jié)約土地，已與節(jié)約能源、環(huán)境保護(hù)等更多的方面聯(lián)系起來。有些甚至把空間的利用率作為系統(tǒng)合理性和性考核的重要指標(biāo)來對待。
立體庫的空間利用率與其規(guī)劃緊密相連。一般來說，自動化高架倉庫其空間利用率為普通平庫的2-5倍。這是相當(dāng)可觀的。

確定自動化立體倉庫的主要形式及相關(guān)參數(shù)
所有原始資料收集完畢后，可根據(jù)這些手資料計算出設(shè)計時所需的相關(guān)參數(shù)，包括：①對整個庫區(qū)的出入庫總量要求，亦即倉庫的流量要求：②貨物單元的外形尺寸及其重量；⑤倉庫儲存區(qū)（貨架區(qū)）的倉位數(shù)量：④結(jié)合上述三點確定儲存區(qū)（貨架廠）貨架的排數(shù)、列數(shù)及巷道數(shù)目其它相關(guān)技術(shù)參數(shù)。
自動化立體倉庫可以形成的生產(chǎn)鏈，促進(jìn)了生產(chǎn)力的進(jìn)步。人士指出，由于自動化立體倉庫的存取，因此可以有效地連接倉庫外地生產(chǎn)環(huán)節(jié)，可以在存儲中形成自動化的物流系統(tǒng)，從而形成有計劃有編排的生產(chǎn)鏈，使生產(chǎn)能力得到了大幅度的提升。