在冷藏裝置的操作期間，蒸發(fā)器盤管上會形成冰層，這取決于設(shè)定溫度，貨物溫度，通風裝置新鮮空氣的數(shù)量以及貨物的濕度等。制冷裝置會定期進入除霜狀態(tài)，由一系列的電加熱裝置產(chǎn)生熱量或者向蒸發(fā)器盤管吹入熱氣。所有的風扇在此時會停止轉(zhuǎn)動以防熱氣進入貨艙。然而， 由于回風溫度感應(yīng)器位置接近制冷裝置，此種溫度升高可能會被記錄下來。因此，除非經(jīng)數(shù)據(jù)記錄軟件處理，否則溫度記錄將會呈現(xiàn)與除霜間隔時間一致的周期性溫度升高。如果除霜期間短暫，每小時的溫度讀數(shù)和除霜期間可能會有一定出入。

冷藏集裝箱除了貨物的設(shè)定值和送風、回風溫度外，溫度控制系統(tǒng)還會以錯誤代碼的形式提供有關(guān)系統(tǒng)問題的詳細信息。貨物溫度可通過美國農(nóng)業(yè)部（USDA）探測儀記錄，安裝該探測儀是為了符合美國農(nóng)業(yè)部針對水果的運輸?shù)睦洳靥幚沓绦颉Ｍ羞\人放置于所載貨物中的數(shù)據(jù)記錄儀也會記錄大體溫度。當冷藏裝置失靈時，溫度顯示和數(shù)據(jù)記錄將會展示一個逐漸穩(wěn)定的溫度上升直至終達到周圍環(huán)境溫度值過程。再次強調(diào)，感應(yīng)器只會記錄空氣溫度，而非貨物溫度。貨物將會受到周圍絕熱材料一定的保護，防止受到外部空氣溫度的影響。

通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因為其在采摘過后仍然能夠進行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。然而，其它商品比如冷藏肉/魚類和奶酪則并非如此。水果的低設(shè)定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，就注意確保這類貨物以佳狀態(tài)交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調(diào)儲藏運輸貨物）外，其通風設(shè)備通常要保持開啟狀態(tài)。一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應(yīng)當注意大多數(shù)冷凍裝置僅能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數(shù)量。人工氣調(diào)儲藏運輸?shù)呢浳镄枰褂媚軌蚶玫投趸继娲鯕馑降挠猛镜募b箱，來延長已采摘的產(chǎn)品的保質(zhì)期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識來確定適宜的氣體濃度水平。